本所原病理学教研室的前身是国立中正医学院病理学系，创建时间为1942年，创建人为晏良遂教授。新中国成立后先后隶属中南军区医学院、第六军医大学、第七军医大学、第三军医大学，学科名称亦先后更改为病理解剖学教研室、训练部第二教研室和病理学教研室，承担的工作任务包括教学、科研和病理检验工作。本校第一附属医院、第三附属医院病理科原由教研室统一领导，建制归病理学教研室，以后分别于1970、1980年独立组建，成立病理科。此外，原病理学教研室1956-1965年并在原重庆市第四人民医院设立病理检验站，承担该院病理检验工作（包括外检和尸检）。
    本所师资素质好、力量雄厚，现中国工程院程天民、刘彤华院士均由本所原教研室调出，第三军医大学防原病理组亦系从本所原病理学教研室抽调程天民教授等人组成，并与防原教研室一起发展为现在的全军复合伤研究所。